A JediCon 2003 São Paulo inovou por ser a primeira edição do evento realizada em dois dias. No fim de semana de 28 e 29 de junho de 2003, a Oficina Cultural Mazzaropi foi invadida por centenas de fãs de Star Wars e também de outros clubes e franquias. Isso porque os organizadores decidiram aproveitar os dois dias para promover a união entre diversos fã-clubes de ficção, cinema e fantasia em um só evento.

Além dos Conselhos Jedi, estiveram presentes os clubes Eventos X (Arquivo X), Brajoes (G.I. Joe e Falcon), Clã Mac Wacko (Highlander), Comunidade 007 Brasil (James Bond), Frota Estelar Brasil e Base Estelar Campinas (Jornada nas Estrelas), Portal 9 ½ BR (Harry Potter), Gang do Scooby (Buffy, Angel, Charmed e Roswell), Matrix.com (Matrix), Conselho Branco, Valinor e Na Toca do Hobbit (O Senhor dos Anéis).

O grande espaço da Oficina Cultural permitiu a montagem dos estandes de cada clube, além dos estandes de lojas, e a programação também incluiu a apresentação de cada um dos clubes no palco. Fora isso, palestras, vídeos e apresentações diversas fizeram a festa dos fãs no auditório. O Jedi Arena (simulação de duelos de lighsaber) voltou a ser realizado, com combates durante os dois dias de evento. O desfile de fantasias também ocorreu nos dois dias, premiando as caracterizações de Stormtrooper, no sábado, e Jango Fett e Zam Wessel, no domingo.

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